Giải mã gene SARS-CoV-2 đã trở thành công cụ đắc lực đối với chương trình ứng phó đại dịch COVID-19 trên toàn cầu, giúp phát hiện sớm biến chủng qua đó định hướng tốt hơn các hướng đi của biện pháp dự phòng, truy vết cách ly cũng như việc phát triển vaccine và các phương thức điều trị hiệu quả. Thực hiện giám sát tình hình biến chủng SARS-CoV-2 gây dịch trên địa bàn TP, Đơn vị Nghiên cứu Lâm sàng Đại học Oxford (OUCRU) và Bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới (BVBNĐ) đã tiến hành giám sát chủ động các biến chủng của SARS-CoV-2 từ đầu mùa dịch đến nay, hiện nay tập trung giám sát biến chủng Omicron.
Từ cuối năm 2020 đến nay nhiều biến chủng quan ngại (VOC) bao gồm Alpha, Beta, Gamma và Delta của SARS-CoV-2 được phát hiện trên thế giới, gây ra nhiều thách thức cho chương trình phòng chống đại dịch COVID-19 toàn cầu. Đặc điểm chung của các VOC là mang các đột biến, đặc biệt là trên protein gai (Spike protein), cho phép virus có khả năng lây nhanh hơn, giảm tác dụng của vaccine, thậm chí có độc lực cao hơn. Trong số này phải kể đến biến chủng Delta được phát hiện lần đầu tiên vào cuối năm 2020 ở Ấn Độ, nay đã lây lan toàn cầu và đang gây ra làn sóng COVID-19 hiện hữu ở khắp Châu Âu và các nước trên thế giới, kể cả các nước có độ che phủ vaccine cao như ở Anh và Mỹ
Những ngày cuối tháng 1 năm 2021, ổ dịch ở Hải Dương với số ca lây lan nhanh nhưng nguồn lây chưa rõ, biến chủng gây dịch chưa xác định được đã gây ra nhiều quan ngại lớn cho ngành y tế trong cả nước. BVBNĐ và OUCRU đã cùng phối hợp với Trung tâm kiểm soát bệnh tật (HCDC) giải mã nhanh bộ gene ca bệnh (BN1660) đi từ ổ dịch Hải Dương vào TPHCM ngày 28/1/2021. Kết quả xác định nam thanh niên nhiễm “biến chủng Anh” (tên khoa học là B.1.1.7 – hiện nay là Alpha). Sau đó Bộ Y Tế cũng xác nhận ổ dịch từ Hải Dương do biến chủng Anh, đánh dấu lần đầu tiên biến chủng này du nhập vào Việt Nam và gây dịch trong cộng đồng.
Trước tình hình hình nguy cơ bùng phát dịch trên địa bàn thành phố ngay dịp cận Tết, SYT TPHCM đã chỉ đạo Trung tâm kiểm soát bệnh tật thành phố (HCDC) tiến hành lấy mẫu xét nghiệm sàng lọc chủ động SAR-CoV-2 nhóm đối tượng nguy cơ cao tại các bến xe, sân bay… và phát hiện chùm ca bệnh ở nhóm bóc xếp ở sân bay quốc tế Tân Sơn Nhất. Kết quả giải mã nhanh bộ gene cho thấy nhóm bóc xếp nhiễm biến chủng Ruwanda A23.1 khác với biến chủng đang gây dịch ở Hải Dương. Việc xác định nhanh biến chủng ở hai nhóm đối tượng nói trên đã giúp TP định hình tốt hơn bức tranh dịch tễ COVID-19 trên địa bàn TP qua đó tập trung truy vết nhóm đối tượng liên quan, nhanh chống khống chế không cho dịch bệnh lây lan trên địa bàn TPHCM.
Đợt dịch COVID-19 bùng phát từ giữa năm 2021 đến nay trên địa bàn TPHCM được đánh dấu bằng sự xuất hiện của các chùm ca bệnh không rõ nguồn lây do hai biến chủng Delta (chùm ca bệnh liên quan chung cư Sunview), chủng Alpha (bánh canh O Thanh Quận 3) vào tuần thứ 3 của tháng 5. Tiếp theo là chùm ca bệnh liên quan đến Hội thánh truyền giáo Phục Hưng xãy ra vào những ngày cuối tháng 5 2021 do chủng Delta gây ra. Thực hiện chỉ đạo của Sở Y tế TPHCM, BV Bệnh Nhiệt đới và OUCRU đã tiến hành giải mã nhanh xác định biến chủng gây SARS-CoV-2 từ các ca bệnh nới trên trong vòng 24 giờ đồng hồ sau khi ca bệnh được ghi nhận.
Những tháng tiếp theo tình hình dịch bênh ngày một leo thang với số ca bệnh ghi nhận mỗi ngày trên mười ngàn ca ở những tháng cao điểm như tháng 7 và tháng 8. Điều này gây nên nhiều thách thức cho nghành y tế của TPHCM và cả nước, từ công tác dập dịch cho đến thu dung điều trị và không kém phần quan trọng là theo dõi sự xuất hiện của biến chủng mới nơi tâm dịch lớn nhất của cả nước.
BV Bệnh Nhiệt đới TPHCM và OUCRU đã chủ động giám sát biến chủng SARS-CoV-2 bằng việc giải mã gene SARS-CoV-2 trên diện rộng từ các mẫu bệnh phẩm được chẩn đoán dương tính bằng PCR ghi nhận trên tất cả các quận huyện của thành phố. Tính từ tháng 5 đến tháng 11 năm 2021, có 408 bộ gene của SARS-CoV-2 đã được giải mã từ 23 quận huyện và thành phố Thủ Đức. Các phân tích về di truyền cho thấy biến chủng gây dịch thuộc biến chủng Delta (Hình 2). Đây cũng là biến chủng được phát hiện từ các ca bệnh liên quan chung cư Sunview và chùm ca bệnh của Hội thánh truyền giáo Phục Hưng hồi tháng 5 năm 2021. Cho đến nay kết quả giải mã các chủng virus tại TP.HCM chưa ghi nhận sự hiện diện của biến chủng Omicron.
Việc giám soát phát hiện các biến chủng SARS-CoV-2 hiện nay là công cụ quan trọng không thể thiếu trong công cuộc chống đại dịch COVID-19 toàn cầu. Dưới sự chỉ đạo của UBND Thành phố, Sở Y tế TPHCM tiếp tục phân công cho BV Bệnh Nhiệt đới TPHCM và OUCRU phối hợp với HCDC tiếp tục giám sát và giải mã nhanh các biến chủng lưu hành trên địa bàn TP, đặc biệt kịp thời phát hiện sự xuất hiện của các biến chủng quan ngại như biến chủng Omicron từ các ca bệnh trên địa bàn TP.
Bên cạnh đó, Sở Y tế đang xây dựng kế hoạch nâng cao năng lực giám sát sự lưu hành các chủng virus gây bệnh của HCDC, tổ chức đào tạo nguồn nhân lực đủ năng lực giải mã gen để sẵn sàng ứng phó với những thách thức tiềm tàng của dịch bệnh COVID-19 cũng như của các bệnh nhiễm trùng mới nổi trong tương lai.
